Eesti Mõisate Ühenduse tegevust juhib üldkoosolekul kolmeks aastaks valitud juhatus. Juhatuse liikmete seast valitakse ühenduse President.
EMÜ Juhatus 2024 – 2027
Jaanus Kiili, president (info@manor.ee)
Andrei Dvorjaninov
Raivi Juks
Uno Silberg
Kaido-Allan Lainurm
Presidendid
2003 – 2006 Jaan Kriisa, Saue mõis
2006 – 2009 Karmel Jõesoo, Raikküla mõis
2009 – 2012 Jaanus Kiili, Vaimõisa mõis
2012 – 2015 Tõnis Kaasik, Saka mõis
2015 – 2018 Tõnis Kaasik, Saka mõis
2018 – 2021 Andrei Dvorjaninov, Keila-Joa loss
2021 – 2024 Jaanus Kiili, Vaimõisa mõis